Cerocahui fue visitado por primera vez por extranjeros en 1679, cuando el Jesuita Padre Pecoro se quedó por un corto período de tiempo y reportó que los indígenas no estaban listos para aceptar su fe. El 23 de Noviembre de 1680 el sacerdote Jesuita Padre Juan Maria de Salvatierra llegó a Cerocahui.
El entusiasta sacerdote Italiano inició la enseñanza del Cristianismo y la construcción de la iglesia de la misión. El sacerdote permaneció en el área por 10 años y luego se fue a Loreto, en donde construyó la primera misión establecida en la Baja California.
Los Jesuitas continuaron su trabajo en Cerocahui hasta el año 1767, cuando fueron llamados de nuevo a España como resultado de diferencias políticas con el rey Español. Fueron enviadas órdenes desde la Ciudad de México para que la misión fuera clausurada. Los Jesuitas apenas si tuvieron un mes para abandonar el país.
No contamos con más historia escrita hasta 1936, cuando los Jesuitas regresaron acompñando al Padre Andrés Lara, el hombre al que se le acredita la fundación de Cerocahui. En 1940, el Padre Lara inició los trabajos en la destruida iglesia de Cerocahui que en ese tiempo era sólo un montón de ruinas de adobe. La reconstrucción de esta iglesia continuó hasta su termino en 1956. En 1941, el Padre fundó la Escuela Internado para niñas Tarahumara, que continúa en operación hoy en día. También construyó el primer camino a Bahuichivo a mediados de los años 50's y trajo el primer vehículo al área -- una camioneta Ford 1958 a la que llamó su "Niña".
El padre murió en Guadalajara en 1976 y sus restos fueron llevados al cementerio religiosos en Sisoguichi. Y el 11 de Marzo de 1997, sus restos fueron regresados a Cerocahui, en donde hoy descansan en los muros de su amada iglesia.
El 26 de Octubre de 1961, el Presidente Adolfo López Mateos inauguró el Ferrocarril Chihuahua al Pacifico, proporcionando el primer transporte público auténtico a Cerocahui. En 1968 el Hotel Misión fue abierto al público.